Décidément, les virus géants sont partout ! Des chercheurs français ont annoncé avoir découvert trois nouveaux pandoravirus en différents endroits du globe, notamment au pied d'un chêne à Marseille.
Cela leur a permis de mener une analyse comparative des génomes des six pandoravirus désormais connus et d'avancer une hypothèse "révolutionnaire": ces virus géants, visibles au microscope optique, "inventeraient leurs propres gènes".
Cette déduction audacieuse, publiée dans la revue Nature Communications, ne devrait pas manquer de faire débat, reconnaissent les deux microbiologistes Chantal Abergel et Jean-Michel Claverie.
Depuis plusieurs années, ce couple marié se livre à la chasse aux virus géants dont l'existence a été mise en évidence pour la première fois en 2003 avec la découverte de "Mimivirus".
Les deux chercheurs travaillent au laboratoire Information génomique et structurale (CNRS/Aix-Marseille Université) à Marseille.
Le binôme a découvert en 2013 la famille des pandoravirus, les plus grands virus connus. "Nous ne cherchons que les virus capables d'infecter des amibes, leur cellule hôte, car c'est sans risque pour les humains", précise à l'AFP Chantal Abergel, directrice du laboratoire. "On travaille évidemment dans des conditions de sécurité maximum".
Les pandoravirus, l'une des quatre familles connue des virus géants, sont aussi grands que certaines bactéries. En forme d'amphore, ils ont un génome complexe et ils possèdent 1.500 à 2.000 gènes environ.
L'équipe décrit dans Nature Communications trois nouveaux membres de la famille, trouvés à Marseille, dans une mangrove près de l'aéroport de Nouméa (Nouvelle-Calédonie) et près de Melbourne (Australie).
Celui de Marseille a été découvert au pied d'un chêne d'une résidence dans le 9e arrondissement de la ville. Ce qui lui a valu le nom de Pandoravirus quercus (nom scientifique de cet arbre).
"Les virus géants sont vraiment partout sur la planète, notamment dans les océans, et ce sont réellement des acteurs de l'écologie", souligne Chantal Abergel.
Les chercheurs ont comparé les six pandoravirus au moyen de différentes approches, notamment le séquençage de leur génome.
"Environ 500 gènes ont l'air de constituer le socle de ce qui fait la famille des pandoravirus. Tout le reste sont des gènes qui sont variables d'une souche à l'autre et continuent d'augmenter au fur et à mesure de la découverte de nouveaux virus", indique à l'AFP Jean-Michel Claverie. "On a l'impression que beaucoup de ces gènes n'étaient pas présents dans l'ancêtre commun de la famille".
"La seule hypothèse possible, c'est qu'ils ont été créés, qu'ils sont apparus +in situ+ dans ce génome et +de novo+, c'est-à-dire à partir d'aucun gène qui préexistait à cette espèce de virus", dit-il. Les virus géants seraient ainsi des artisans de la diversité génétique.
Cette thèse "révolutionnaire, va probablement nous attirer les foudres de beaucoup de nos collègues", prévient le chercheur. "Entre autres, parce que l'on remplace le modèle où il se produit une sorte de Big Bang de l'évolution, avec l'apparition de la vie il y environ 3,8 milliards d'années, par un modèle où l'évolution apparaît beaucoup plus continue".